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【LV6已解锁】使用E11分析祖源的若干等级,你是哪一级别?

此贴专门用作祖源计算器E11的用法境界比较,也欢迎各个爱好者到评论区互相讨论,故开此专贴。
 
【入门级】
 ——LV1——
仅使用微基因的微解读来查看E11结果,其genotype rate无法知晓,且无法利用有关位点最多的格式
lv1.png

 
【中级】
 ——LV2——
直接使用diye11.exe程序,跑出各种数据文件的E11结果,但容易出现少算位点的问题,受数据格式限制很大(图中成分的方位名已简化,仅参考)
lv2-1.png

lv2-2.png

 
——LV3——
使用R语言载入DIYDodecadWin.exe,添加关键文件后计算出不同数据文件的更完整E11结果,转化率大于或等于diye11.exe版的E11,且不受数据格式限制(可选择性的绘制统计图)
lv3-1.png

lv3-2.png

 
【高级】
 ——LV4——
使用R语言载入DIYDodecadWin.exe,并使用可以绘制统计图的软件,计算各染色体的E11结果,并绘制成统计图(可附加完整的结果)
lv4-1.png

lv4-2.png

 
——LV5——
使用R语言载入DIYDodecadWin.exe,并使用可以快捷绘制统计图的软件,以窗口尺寸(Window size)+步长(Advance step)的byseg模式分析出更加详细的祖源,然后以折线散点图和/或以百分比堆积图的形式呈现,像R语言的自带折线图或gedmatch的百分比堆积图那样呈现(图仅以1号染色体的结果为例)
lv5-1.png

lv5-2.png

lv5-3.png

 
——LV6——
用“从LV5级别”取得的E11的byseg模式运算得到的百分比堆积图,或叫做图谱,最好是全图,来根据染色体的数字所在位置区间找出一些相应位点查位点名(选感兴趣的即可)。接下来,再通过SNPedia、NCBI等网站来查询这些位点,以查看这些相应位点都影响了自己哪些与不同民族相关的遗传性状。网址如下所示:
https://www.snpedia.com/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
(如果建立图谱时只用了微基因的核心数据(甚至加了扩展数据)的话,也可以在微基因网页版的“探索——原始数据”里面来查找)
 
  【史诗级】
——LV7——
暂时没有发现更高级的用法,仅作为预留等级……
 
 
上述等级未涉及民族相似度比较、nMonte种族模拟、PCA分析图等内容(E11也缺少这些内容,其他计算器的可以考虑),因为这些都属于理论上任何等级都可加以使用的内容。
现在对号入座,您属于哪一级别的玩家? 
如有兴趣,也可使用其他的祖源计算器来对照,可能存在跳级的情况,建议使用R语言、Admixture Studio和/或WPS Office等软件来辅助完成。必需文件我已发放在评论区。
2020-09-11 • 呼和浩特市, 内蒙古自治区, 中国
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11 个回复

west - Talk is cheap, show your gene-report
这专业级玩家呀
我用r跑的结果和微解读一样,但和diye11有点区别😂
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——下面补充一些相关文件——
 
(已修复)含E11的源及其拓展文件,还有R语言的安装包
工具包呢,有R使用教程吗
元月十号 - 【杜】o-cts4960/外公【崔】T1a3b2a1/外婆【张】O2a1c1a1a1a1g
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基因数据的示例文件如下,即使是未做过基因检测的用户,也可以用这些基因数据文件来进行跑计算器的实验(所有的文件下载都需要在电脑的网页端上进行)
 E11跑R专用拓展包.rar、 皆纯合碱基AA_CC_GG_TT的示例文件.zip下载链接已经失效,麻烦楼主补个新的
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E11的压缩包问题已修复成功;另一个示例文件在重新上传后下载的仍为乱码名称,但加上后缀名“.rar”后却能使用。希望官方能修复部分附件上传后下载却只有乱码名的BUG
 全纯合碱基AA、CC、GG、TT的示例文件依然打不开链接
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正文的图片数目到上限了,就在此放两张之前做好的图(LV5.2),E11的百分比堆积全图+散点折线全图(窗口大小500,步数20)
兄弟费心了,科学的极致是什么-_-?

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