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发现一个专门检验提升位点转化率效果的计算器——HAPMAP K8

从Admixture Studio 249里发现的HAPMAP K8计算器成分的名字与千人基因组的相同。
这是我个人跑出来的、与其他计算器结果完全不符的结果——
 
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然后我找到并对比了一些与自己不相关的数据,结果仍无明显变化,都是YRI(Yoruba in Ibadan, Nigeria)和CEU(Utah Residents (CEPH) with Northern and Western European Ancestry)的成分最多,小成分也几乎没什么变化——

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所以经个人发现,这更像是用来专门观察所用基因数据文件的位点转化率的祖源计算器,观察成分大小不是其目的,真正的目的是观察不同格式的转化率(与大多数其它计算器的转化率走向相似)或不断观察检验自己混合件数据文件的过程中转化率所提升的数值,以找出极大值。
所以HAPMAP K8也是用法最特别的祖源计算器之一,如果自己的数据文件在这计算器的转化率达到60%以上,那么就已经达到在其他计算器的转化率奇高的水平。
 
未解锁PRO版的用户需要在这个窗口里看转化率:
demo.png

 另外249里还有两个计算器可以观察提升位点转化率的效果,它们分别是MDLP K14(总共234796个位点)和MDLP K16(总共315625个位点),但这两个计算器仍以观察祖源结果为主——

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 【附】各种纯AA等位基因数据的主要格式在没有空位点的情况下,在HAPMAP K8中的转化率大小:
(无扩展数据的)微基因 2.0——91534÷249075≈0.367496
(无扩展数据集的)23魔方——55025÷249075≈0.220917
23andme V5——33541÷249075≈0.134662
23andme V4——90134÷249075≈0.361875
23andme V3——137609÷249075≈0.552480
23andme Merged V3V4V5——144330÷249075≈0.579464
AncestryDNA V2——93673÷249075≈0.376084
AncestryDNA V1——108608÷249075≈0.436045
All Raw Formats by Positon——155294÷249075≈0.623483
(All Raw Formats by Positon)+(23andme Merged V3V4V5)+((无扩展数据的)微基因2.0)+((无扩展数据集的)23魔方)+(23andme V5)+(23andme V4)+(23andme V3)+(23andme V2)+(AncestryDNA V2)+(AncestryDNA V1)+(FTDNA V2)+(FTDNA V1)+(LivingDNA V2)+(LivingDNA V1)——166228÷249075≈0.667381
……
  •  下一篇帖子我再讲怎样设置跑唯一祖源计算器所用的专用数据格式……
2020-09-16 • 内蒙古自治区, 中国
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