williamswong williamswong - 关于加群不要再私信,本人已不在群内也不在收集民族相关基因信息,谢谢合作。 全基因组测序

菁英版y染色体上树优势:从yfull上树质量看微基因菁英版全基因组y bam质量

下面我以yfull上树的两个cts5492的样本来侧面证明一下微基因全基因组的数据质量。其中一个是祖籍河北,一个是祖籍福建的样本。都为M117下游的cts5492。其中福建样本为big y测试,河北全基因组测试为微基因菁英版所提供的y染色体ybam。从倍数来看,微基因倍数检测到较低,而big y较高。但是真的影响上树数据质量的覆盖度来讲就完全不同了。我们可以注意到,微基因的菁英版覆盖率高达百分之89.45,而big Y只有百分之54.79。全基因组测试得到的y bam效果明显要强于只普通高通y的big y数据。那么有人可能问到,为什么读取次数较少(倍数较少)的反而质量好,那么我解释一下:以样本的终端位点z25902为例,菁英版的是读取了12次,而相同位点big y高通版只读取了6次,yfull认为bigy该位点存在假阳性的机率,而其实到了12次已经是检查无误了。所以从这个例子来看,可以看出读取的时候也看稳定性,换句话说,就是因为读取次数微基因菁英版非常平均,而big y样本虽然次数多但是位点读取次数并不平均,也就是说全基因菁英版相比较之下的表现的是更稳定的。以下是相关截图,敬请参考。



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2018-11-04 • 北京, 北京市, 中国
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12 个回复

williamswong - 关于加群不要再私信,本人已不在群内也不在收集民族相关基因信息,谢谢合作。
欢迎各位使用微基因菁英版基因组测试的朋友们对该测试数据质量进行讨论。
WGS测Y的好处就是不需要捕获,该有的全测了。单纯的Y染色体高通需要捕获,钱都花在怎么吧Y染色体单独扩增出来了,又贵还不全。
william0509 - 人文地理爱好者
王威廉分析的很有道理。对于yfull来说主要是看覆盖度。覆盖度高,读取次数稍低一些不成问题。
两个威廉
蓝星旗 - There is no death,there is the Force. [禁言中]
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蓝星旗 - There is no death,there is the Force. [禁言中]
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主要是看算龄覆盖长度,那个覆盖率是没什么用的,长度再高不算龄也没用。
我菁英板测出来Y在长度覆盖率也只有50%左右啊?
看起来质量不错
看起了是比yfull要好一些。
zgzzjqf - 济南天大白癜风医院皮肤科医院(http://www.sdtdvh.com)
看起来很不错呦
现在还是这样吗?考虑买个全基因组上树呢!

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