我原始数据中的rs1800497位点是AG，而snpedia上这个位点有CC,CT,TT，是不是弄错了？

这个位点的Orientation是minus，WeGene给的raw data里面都是plus的。所以对于Orientation是minus的位点，要取互补的碱基。
 
所以你说的这个位点的AG，对应到负链上就是CT。

23andme给的raw data也全是正链的。处理方法是一样的。