表型的发生率（患病率）数据是从哪里来的？

这些应该从疾病数据库或者文献可以查到吧，OMIM之类的

你可以平时多关注一些机构组织发布一些调查报告，会提供这些数据。
我自己偶尔呢，也会上世界卫生组织之类的官网上看某些常见疾病的分布和流行数据。