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看剧的GALR1基因
综合讨论组
关于全基因的疑问,请管理回复一下。
我测的是菁英版,测了两次,第一次是两年前给儿子测的,Y染bam有803M,这次我自己的只有430M。第一次给的全基因数据是96G的BAM文件,这次是33G的CRAM文件。数据量差这么大,质量能保证吗?
PS:我已经传Y到Yfull了,几天后看看质量怎么样。
2021-06-15 • IP属地南昌 • 发自
微基因APP
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Indocina
Cram是可以转换为bam的,两者没啥区别,cram占空间还小,方便下载
哽咽的LRP1B基因
建议不要根据文件大小判断数据量
不同格式有压缩率问题
文件内容,bam,cram都是可以有很多额外信息的,比如各种reads比对的信息、tag
以及,同样的数据量,读长100bp 150bp的文件大小差异会很大
数据量不等于文件大小,也不是正比关系
绅士的SRY基因
额
写错了,不是魔方的,在国外很久以前测的全基因组提取y出来上传不知道为什么变成了23mofang
坚韧的USP9Y基因
我不是管理员,但是你两次都是测的全基因测序菁英版吗?还有你两次下载的数据格式都不一样,大小肯定不同吧
看剧的GALR1基因
两次都是菁英版。Y染都是bam文件,我的小一半。cram格式压缩率相对bam只有10~30%,按理相同质量60G差不多,可是我的只有33.6G。
看剧的GALR1基因
覆盖长度深度不一样,那不就是质量差异吗?同一家公司,同一套设备,同样的格式,难道文件小的质量还高?之前的难道都塞了一堆没用的数据?
看剧的GALR1基因
说什么好呢?这就是菁英版的质量?平均16.5中值14。呵呵了,连20都达不到,青春版都不如,这么骗钱你们良心不会痛吗?还是说你们根本没有良心?给个说法?
看剧的GALR1基因
是这样算的话,我确实不懂,我只知道我18年源基因Y全序平均都22X,虽然覆盖长度短。
看剧的GALR1基因
只有一半?自己看看,Y是一样的深度好吧。常染30的Y有26x,常染15的,Y是16x
哽咽的LRP1B基因
源基*真的不行兄弟,区域捕获y染色体才给你22x,一般外显子都是100x起跳的
顺天承命
全基因组的Y就是这样,我八十九G的数据。Y也是15X。
顺天承命
这个是我的全基因组Y的数据
依阑听风雨
🙄反正没有宣传的平均30深度
看剧的GALR1基因
实锤19X
性感的ADD1基因
不知道微基因的cram是无损压缩还是有损按理来说这压缩率超过了无损的范围,压缩率太高了。
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综合讨论组
8044 个讨论
15 个回复
赞同来自: 大灰狼 、[已注销] 、元月十号 、BelleLune 、xraywu
不同格式有压缩率问题
文件内容,bam,cram都是可以有很多额外信息的,比如各种reads比对的信息、tag
以及,同样的数据量,读长100bp 150bp的文件大小差异会很大
数据量不等于文件大小,也不是正比关系
赞同来自: [已注销] 、west
赞同来自: 捌零柒零
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