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【基因助手】2022年7月更新,祖源探索 DIY,全球五家基因公司父系/母系树形更新!

基因助手
https://geneu.xyz
 
2022年7月更新:您已经检测过基因了?想知道自己在全球基因公司的父系/母系树上的结果吗?全球五家基因公司父系/母系树形更新,供您探索 DIY!

首页 -> 祖源探索:
 
1,父系/母系单倍群分型,特性如下:
  • 支持所有基因公司的Microarray芯片格式数据(TXT文本文件,有rsid, chr, position, genotype四列),其中position坐标支持hg19或hg38格式,不挑剔数据质量。微基因用户可下载自己的基因原始数据:https://www.wegene.com/account/setting/profile/#!download  其他公司的用户可自行联系其客服获取基因数据文件。
  • 统计您DNA数据中22条常染色体,XY性染色体,mt线粒体的SNP位点数、indel插入缺失数、no-call未检测数、祖源成分的用户和标杆人群的数据利用率。
  • 分型采用全球主流基因公司的最新版Y-DNA和mtDNA树形,且定期同步更新,截止2022.7.1, ISOGG(2019-2020 v15.73,10,265个Y单倍群)、YFull(v10.03.00,41,363个Y单倍群)、FTDNA(myOrigin v3.0,56,778个Y单倍群)。未来可扩展支持更多基因公司的父系/母系单倍群树。
  • 分型策略可选择:保守型(只接受连续突变)、平衡型(有条件的接受非连续突变)、激进型(接受所有非连续突变)
  • 分型结果按照总突变数、可信度排序,提供Top5 分型结果和SNP突变详情,用户可自行查看分型结果路径中每个 SNP 位点是否 derived派生型(深绿色),或ancestral祖先型(浅绿色),或未检测位点(半透明色)。
 
 
2,祖源成分计算,目前提供三个标杆人群:适合中国人群的E11标杆、适合中西亚人群的 Turkic K11标杆、适合全球族群的 World K47标杆。未来视服务器资源,可扩展提供更多标杆人群。
 
3,性能情况
  • 用户DNA数据文件上传,文件越大越耗时,用户网络越慢越耗时,10~30M的数据文件,约3~10秒上传完成。
  • 父系/母系分型,计算耗时取决于选择的单倍群树形,单倍群树的SNP越多越耗时,ISOGG (约1分钟) < YFull (约1~2分钟) < FTDNA (约3~4分钟) 。 
  • 民族祖源成分,计算耗时取决于选择的标杆人群,标杆人群数据量越大越耗时, E11 (约1分钟) < Turkic K11 (约1分钟) < World K47 (约3分钟)。 
 
 
以上计算采用多线程并发任务,总耗时约1~4分钟,请耐心等待,喝杯咖啡,不要中途刷新或关闭页面。欢迎体验!
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2022-07-02 • 无锡, 江苏省, 中国
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2 个回复

没玩过,感觉很酷😎
全基因测序数据可以吗

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