wegene数据转23andme数据的尝试

dna.land经测试成功,看来伪装是成功了一部分,可以骗过gedmatch和dna.land,但是无法骗过myheritage

给一个我的思路
 
把WeGene的原始数据转换成23andme的数据，要解决的问题：
1. 23andme的数据是有5个版本的，从V1到V5。V5是刚刚出来，很多第三方也不支持，V4用了很多年，用得比较多。现在建议以V4为转化目标。
2. 修改rawdata的头部注释信息。很多第三方应用都会验证原始数据txt文件头部的注释信息，这个肯定要改成跟23andme一样的。
3. 修改数据中的SNP列表。WeGene跟23andme的rawdata是有区别的，把两者重叠的部分全部保留。
4. 剩下的是23andme数据中有，而WeGene数据中没有的位点。这部分有几种处理方法，根据我自己的看法，从易到难罗列一下：
4.1 全部标为未检出：这显然是最简单的，但是会损失很多信息，有些第三方应用也会提示数据的nocall rate太高。
4.2 全部用中国人的高频基因型填充：根据千人基因组项目的SNP frequency信息，把中国人群的高频基因型填充进去。这个方法也可以细化一点，比如根据CHB和CHS对南方和北方的数据做不同的处理。
4.3 先用WeGene原始数据中所有的位点，用千人的Chinese做参考数据集，对23andme多测的那些位点的结果做imputation，把impute中info值比较高的位点的impute结果填充进去，impute效果不好的点用未检出填充。
 
从合理性来说，4.3是最好的

做了两份数据,已经上传到myheritage,一份是所有缺少的位点一律未检出,另一份以一个台湾网友的位点代替

更新myheritage

可以看到,套件号是m开头,而不是w开头了

如果,有需要转23andme格式的人,可以联系我,我正好需要测试一下,这个应用是否成功

您好，可否把程序拿到兰海论坛共享下载呢？

去掉定制位点是什么意思？

你用的数据是刚从网站下载的吗？

做个应用吧：）

这个不错

你好，楼主能帮我转一下吗？

我自己的也出来了