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xraywu xraywu 综合讨论组

大家可以把自己的原始数据上传到GEDmatch和SNPedia进行相应的分析啦~

先简单介绍一下两个网站——
  1. GEDmatch.com 是一个利用基因组信息进行家系及亲缘分析的网站。用户可以上传自己的基因组数据，与其他用户上传的数据进行比对，分析与他们的亲缘远近及发现未知的家系关系。
  2. SNPedia 是一个开放的SNP位点维基百科。他们提供了一个叫做Promethease的服务。用户可以上传自己的基因组数据，SNPedia会根据他们已有的信息，分析用户的基因特征，如疾病风险等。每次收费五美元。
 
现在，他们都已经支持WeGene原始数据的导入啦！支持WeGene原始数据的导入啦！支持WeGene原始数据的导入啦！重要的事情说三遍。下面我们就来看看如何使用——
 
GEDmatch.com
  1. 首先在我们的网站上下载你的原始数据：页面右上角点击`设置`-> `隐私` -> `基因数据下载`。输入密码后下载文件。
  2. 因为目前我们提供的原始数据是纯文本格式的，而GEDmatch只支持压缩文件，你需要先把下载后的数据文件压缩成.zip格式。 
  3. 到 GEDmatch.com 注册一个账号。
  4. 在网站首页右侧`File Uploads`里选第二项`WeGene upload`。填写一下名字或昵称，选择相应的性别并同意数据进入公共数据库。选择相应的文件并点击`Upload`。
    Screen_Shot_2016-04-08_at_9.56_.17_AM_.png
  5. 上传开始，因为速度较慢，注意不要反复点击按钮。因为他们服务器在国外，如果跳到了页面加载失败的页面再重试。可以挂VPN后上传。
  6. 上传完成后，会转到一个新页面，不要关闭或刷新页面，等待一段时间以后，页面上会显示一个标红的ID（如M000000）。这份数据就上传完成啦。回到首页，你会发现在左下角`Your DNA Resources`里出现了该ID。
  7. 隔一段时间以后（通常是数小时），可以点击`Analyze Your Data`里的`One-to-many matches`工具查询你的数据与其他用户数据的远近。在打开的页面里输入你的数据ID，选择要用常染色体还是X染色体数据分析，点击`Display`即可看到结果。结果里会给出亲缘关系较近的用户，其中`Gen`一列显示你和他们之间隔了大约几代。
 
SNPedia/Promethease
  1. 与GEDmatch一样，下载你的原始数据，无需压缩。
  2. 去到Promethease首页，点击其中的`Upload Raw Data`上传文件（较慢，同样建议VPN）。
    Screen_Shot_2016-04-11_at_8.04_.21_AM_.png
  3. 上传完成后，点击`Purchase for $5`，输入一个有效的邮箱地址，然后付钱，支持支付宝哦。
  4. 付费完成后，数据就会开始分析。等一段时间后，可以在邮箱收到报告到Promethease网站查看。也可以在网站上下载。数据在网站上保留45天。
  5. 报告上主要会根据上传的基因组数据判断你的健康风险。
    Screen_Shot_2016-04-11_at_8.16_.25_AM_.png
 
有兴趣的同学们可以尝试起来啦，有任何问题欢迎报告~
2016-04-11 • IP属地加拿大
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45 个回复

王邵阳
同问，是上传十几兆核心数据还是两百多兆的扩展数据

赞同来自: tszhrzkc 、hiorus 、Boris05 、leetoury 、Orion_yin 、stephenwang 、反射弧长长不打紧更多 »

(7)
2017-10-06 • IP属地南京 • 评论 (1)
卖萌的12号染色体
谢谢楼主，让我学到了不少好玩的东西。我做完了，把我的结果整理了一下，在知乎上发了个帖子（知乎上传图片更方便）。https://www.zhihu.com/question/28689086/answer/157724705?group_id=840123380505124864。如果大神有兴趣看看，看到我有什么分析的不对的地方，请帮忙指出来。

赞同来自: xraywu 、AMD_Yes 、甘棠夭夭 、mali2002 、加里dna 、huaiyi更多 »

(6)
2017-04-25 • IP属地加拿大 • 评论 (11)
懵懂的ASTN2基因
SNPedia上说，“WeGene Chinese company with an East Asian population focus, but some data quality issues currently make it unreliable for use with Promethease.”
 
是基因检测数据有质量问题？
 
来自页面https://www.snpedia.com/index.php/Testing

赞同来自: FritzJ 、ylxt0121 、闵康

(3)
2017-07-24 • IP属地河源 • 评论 (0)
Aeonni
Promethease 显示 wegene not supported (*ゝω・)

赞同来自: BOOLEAN 、danielinblue 、闵康

(3)
2018-05-26 • IP属地杭州 • 评论 (0)
CAS9
这个消息不错

赞同来自: 费力科思 、蓝星旗

(2)
2016-04-11 • IP属地中国 • 评论 (0)
huyu2016 - WeGene末席关注师
真好~
屏幕快照_2016-04-11_上午9.47_.53_.png

赞同来自: 费力科思 、丁丁

(2)
2016-04-11 • IP属地中国 • 评论 (0)
cedre - -----------------------------------------------------------
GEDmatch上传了好几次，但是老说我没有打包，然而我已经zip过了，不解

赞同来自: 甘棠夭夭

(1)
2016-04-11 • IP属地中国 • 评论 (9)
liuyangyu - 0603
就不能代替上传和付款么？分析结果中转回来，可以收个劳务费啊！

赞同来自: flatfoosie

(1)
2016-05-11 • IP属地中国 • 评论 (3)
xiaoyuvax - We are but codes
两个网站都上传了。还是SNPedia比较有趣。如果需要帮忙的朋友可以跟我联系。但前提是你要授权我看你的数据。

赞同来自: greentreesfh

(1)
2016-08-27 • IP属地成都 • 评论 (2)
自信的TBX3基因
what does the P in SNPedia stand for?注册时这个问题怎么回答？

赞同来自: yan900121

(1)
2017-08-29 • IP属地俄罗斯联邦 • 评论 (1)
rshi1973
请问一下是上传扩展的全基因数据吗？

赞同来自: 反射弧长长不打紧

(1)
2017-08-29 • IP属地中国 • 评论 (0)
shawnch - 寻根！
SNPedia现在不支持wegene上传了。试了两次都一样。

赞同来自: danielinblue

(1)
2018-06-08 • IP属地北京 • 评论 (0)
有钱的4号染色体
GEDmatch无法注册，无论有无填写内容，每次网页注册都显示的是"Go away1"

赞同来自: 一念darrr

(1)
2020-06-06 • IP属地中国 • 评论 (2)
xraywu
GEDmatch的问题应该已经修复啦，大家可以再尝试一下~

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(0)
2016-04-12 • IP属地香港 • 评论 (0)
aephi
不错

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2016-05-11 • IP属地中国 • 评论 (0)
wang - 哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
赞！

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2016-05-11 • IP属地美国 • 评论 (0)
mandiwu1026
求代操作

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2016-07-16 • IP属地上海 • 评论 (0)
蓝星旗 - There is no death,there is the Force. [禁言中]
[ 由于内容不当, 此内容已被隐藏 ]

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2016-07-16 • IP属地中国 • 评论 (0)
彷徨的GPC5基因
静候原始数据出来~~

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2016-07-16 • IP属地中山 • 评论 (0)
Fizben - 对不起，我还活着。
请问如何获得自己的原始数据呢？？报告的出了，在哪里查询和下载原始数据？

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2016-07-20 • IP属地广州 • 评论 (1)
wanhuagu
我的报告出来一个月了，数据还在处理中

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2016-07-21 • IP属地中国 • 评论 (0)
c34wolf
请问原始数据怎么下载===我已经找到了，抱歉

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2016-07-22 • IP属地中国 • 评论 (1)
q100024015
现在还可以吗？

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2016-08-17 • IP属地中国 • 评论 (1)
natsumi - 999用户
我的报告已经出来几天了，但是点击下载原始数据的时候，提示“暂仅支持wegene格式的数据”，但我只有wegene的数据啊，下载不能？如果数据还没准备好，那么分析报告怎么来的，晕。

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2016-08-22 • IP属地中国 • 评论 (1)
热烈的DSP基因
其实，亲缘近代表什么呢？不知道原生家庭的人表示困惑。

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2016-08-29 • IP属地大连 • 评论 (1)
wyfox
gedmatch网站分析完one to many了，然后怎么看呢？

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2017-04-15 • IP属地中国 • 评论 (0)
桥豆玛德 - 陕西西安
(156)错误:文件类型= ZIP
文件名称必须包含一个名称、一个点,GED紧随其后

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2017-04-19 • IP属地中国 • 评论 (1)
lybabel
getmatch已经上传，snpdia的结果10分钟就出来了，密密麻麻一大篇子，看的真累。只是想了解健康风险，不知道什么方式筛选比较好？是不是选好人种，frequency设高一点，magnitude从高到低排就好了？有些点位揭示的风险疾病，我听都没听过啊。。。

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2017-04-24 • IP属地江西 • 评论 (1)
超爱玩的骁
码一个

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2017-06-19 • IP属地成都 • 评论 (0)
kjlu426 - 爱学生物的基因猫
挣扎着上SNP，各种慢。。。

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2017-08-29 • IP属地中国 • 评论 (0)
郑福鑫
根本没有这个入口 第一个网站没有跟微基因对接的

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2017-08-29 • IP属地深圳 • 评论 (1)
甘棠夭夭
您好，想请教一下，在GETmatch中，我用好压将二百多txt文件压缩到八十多兆，可上传好几遍都没成功？如图。求解๏︿๏谢谢您了！

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2017-08-30 • IP属地天津 • 评论 (0)
小群子 - QueenKong
我和你一样的状况。。。

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2017-09-28 • IP属地杭州 • 评论 (0)
健忘的TLR4基因
麻烦大神看看，5.2代是阴性还是阳性？
 

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2017-10-07 • IP属地中国 • 评论 (1)
健忘的TLR4基因
还有一个

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2017-10-07 • IP属地中国 • 评论 (1)
tszhrzkc
ERROR: File appears to be too large to be a Zipped file. If the file is unzipped, please zip the file before uploading. Halt.
 
怎么肥四？

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2017-10-07 • IP属地天津 • 评论 (0)
威武的RORA基因
up

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2017-12-29 • IP属地美国 • 评论 (0)
Michellebian
好消息，现在SNPedia新年免费！

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2018-01-02 • IP属地澳大利亚 • 评论 (0)
果断的DSCAM基因
SNPedia 不知道怎么整

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2018-02-14 • IP属地泉州 • 评论 (0)
波风若川 - 你是轻轻掠过身体的风…
现在要10美元了，SAD

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2018-02-22 • IP属地北京 • 评论 (0)
qqcoolj - O1a
gedmatch 没有找到wegene upload选项，只有Generic Upload FAST，现在还能上传数据吗，还是直接传就可以。

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2018-05-20 • IP属地上海 • 评论 (2)
VVJY
好贴

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2018-05-26 • IP属地中国 • 评论 (0)
傻傻的TENM4基因
哪个准呢

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2018-05-26 • IP属地中国 • 评论 (0)
魏家豪 - R1a-Y934-Y151833
为什么我上传了Gedmatch是
(197) ERROR: File type = ZIP
File name must consist of a name, a dot, followed by GED
我看不懂英文

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2018-07-30 • IP属地北京 • 评论 (7)
‭sneer - test
promethease不支持了？
WeGene is not supported
 

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2018-07-31 • IP属地中国 • 评论 (0)

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