高调的8号染色体 综合讨论组

请各位大师科普一下~ Wegene树、ISOGG树等都代表什么?

请大师们科普一下,以下之间有何关联,该如何理解与应用呢?
 

Tree.png

Wegene树的数字
 

Tree2.png

ISOGG树的解释
 

Tree3.png

Ysearch的搜索表格
 
想多了解关于祖源分析,但始终外行,才疏学浅,想请各位大师赐教~ 谢谢!
2016-07-16 • IP属地中山
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3 个回复

wang - 哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
ISOGG是Y染色体谱系的爱好者建起来的网站,会按照最新进展不断更新突变位点和单倍群谱系命名。
WeGene所给出的Y染色体单倍群名称是参考的ISOGG:International Society of Genetic Genealogy (2016). Y-DNA Haplogroup Tree 2016, Version: 1.87,Date: 29 March 2016, http://www.isogg.org/tree/ 30 March 2016.
 
WeGene树上的数字是SNP位点的物理位置,而ISOGG树上的“字母+数字”(比如P164)是SNP的名字,每个SNP位点会对应一个物理位置。
 
Ysearch给出的是STR,也就是串联重复序列。DNA分子由四种碱基(A、T、C、G)按照一定的顺序连接而成,SNP是仅仅一个位置上的碱基类型变化。Y染色体上的同一个SNP在人群中一般只有两种类型。STR则是在染色体的特定区段,由几个碱基组成一个单位重复出现,不同的Y染色体上的同一个STR位置往往有不同的重复拷贝数。SNP和STR由于突变性质和突变速度不同,在分析中有着不同的用途。利用Y染色体上稳定遗传的SNP,我们可以构建出个体或家族之间明确的遗传渊源。而且,既然SNP有稳定的突变速率,当我们统计出不同人的Y染色体之间的突变差异数,将差异数除以速率,经过换算就可以估算两条Y染色体之间的分化时间。但是,由于SNP的突变速率实在太低,个体之间的突变差异散布在Y染色体的各处,只能使用Y染色体全测序来寻找,而目前全测序的成本太高,尚不能普遍应用。这一缺点被Y染色体上的另一遗传标记STR弥补了。一些STR位点分布在Y染色体上的固定位置,每一个STR位点内部的重复单位在传代过程中改变着拷贝数,这种改变也是有着固定的速率的,而STR突变速率要比SNP大得多,所以之前的Y染色体研究多是Y染色体SNP结合STR一起使用的。WeGene给出的是SNP,与STR无关。
 
 
谢谢@wang的详细回复!请问对于祖源分析有兴趣的朋友,有没有必要测STR?建议去哪里测呢?
高调的8号染色体
失落的DNAH5基因 [禁言中]
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