上游的位点不亮而下游位点亮是什么原因？

你这每一级都只亮一个，或者不亮，看着好悬呀。因为芯片有假阳的。正常应该是大部分亮了才能确认分支的。翻翻其他分支是否有亮了的？

这种就特别像一两个假阳位点导致判断出错，微基因的程序好像是只要判断认定是某个单倍群，就停止分析了。如果实际单倍群在字母排序上在假阳位点后面会导致判断出差。楼主请仔细看看各分支，着要是错了能错出几万年。