爽朗的USH2A基因 祖源分析

为什么K12B的分析和这里的大不同?

2016-08-14 • IP属地郑州
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wang - 哈佛医学院、德国马普所分子人类学博士后
K12b分析结果的问题:
K12b的原理是根据位点的频率差异在模拟出12个祖先群体作为参考群体,然后将某样本的数据与这12个构想的参考群体进行比较。East Asian这一分类对应的是100%的日本人和80%左右的韩国人,可以说K12b是用日韩来代表“East Asian”;“Southeast_Asian”对应的则是傣族和越南人。 
East_Asian                     66.33%
Southeast_Asian                25.56%
可以这样理解,K12b把你的祖源分解为66.33%的日韩成分+25.56%的(傣和越南人)。
 
K12b也把汉族(Han)分解为55.2%的日韩+44.8%的(傣和越南人),所以在K12b里你得不到汉族祖源成分,而是笼统的“East Asian”,这个“East Asian”的参考人群是日本人。为什么日本人会被这类算法认为是祖先参考人群哪?因为日本人里有古老的绳文人遗传混合,绳文人是在至少1.2万多年前就与其他东亚群体分开的古老人群,有着与现有东亚人群不同的遗传背景。这就造成了现有东亚人群的遗传多样性无法涵盖日本人,也就造成了日本人是祖先群体的假象。
 
WeGene是把北方汉族和南方汉族设定为祖先群体来看某样本的遗传归属,某汉族样本自然就和北方汉或南方汉更近而不是和日本人更近了,所以会有您祖源中的北方汉族成分。
 
WeGene原始数据导入Gedmatch之后出现非洲成分:
首先请放心,您没有非洲成分,非洲人群对于东亚来讲是个遗传学上的外类群,近几万年没有基因交流。
WeGene原始数据会出现非洲成分可能是因为极少量的探针是没有confirmed过的,1%-2%的位点可能是有问题的,这些有问题的位点在东亚人群中是没有的,会被认为是来自非洲的、中东的等等。可以把未验证的探针得出的位点剔除掉,看还有没有奇怪的非洲成分。
我在WeGene,23&me和Ancestry都测了,而且把三套数据都上载到了GEDmatch。用WeGene数据得到的结果与用另外两个公司的数据得到的结果有明显的不同,主要是23&me和Ancestry的数据都不显示有任何African成分。用WeGene数据得到的Dodecad World9结果如下:
     East_Asian                  76.69
     Siberian                      19.62
     African                         1.59
     Atlantic_Baltic              1.2
     Caucasus_Gedrosia     0.67
     Southern                     0.18
     Amerindian                 0.05
的确如此~ 我也出现非洲成分了~
@wang 谢谢你的解释!
我的非洲都超过3了。没啥了,组团找非洲亲戚好了
shuer - 一句话介绍
可能是老祖宗几万年前从非洲迁来时带过来的非洲血统的残留吧

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