苦苦的ANK2基因 祖源分析

如何阅读gedmatch中的染色体涂染图(Chromosome painting)?(ps:为什么2号染色体稳定出现疑似中东农夫片段)

@wang @lily 今天在操作gedmatch的时候,发现了chromosome painting这一选项,然后发现看不懂各个染色体上波峰波谷是什么意思。有大神知道如何阅读这种图吗?
此外,我还发现,我的第2号染色体上下四分之一处有一段10M单位的片段,被各个计算器判定成西亚成分(或者类似的,反正不是主体成分),甚至比我的主体成分还坚挺。请问出现这种情况的原因是什么。历史时期的混合?底层同源?还是单纯的noise。应该不是计算器的问题。
大家都有这样的现象吗?
 

上面的计算器识别成West eurasia,还算正常

K23b把它识别成了Caucasian


K7b把这一段识别成west asian

K11把这段判定成新石器时代?


V3也把它识别成了西亚


ANEK7把它识别出了ENF(这是什么?)
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我根据回复里的建议,跑了K36。结果如下:


看总体的结果也蛮正常的。
然鹅,2号染色体的那一小段仍然很坚挺,发誓和其他片段保持不一样的队形(#゚Д゚)。


这次把这一小段被判定成了Arabian+south asian?
再看2号染色体的放大版


50到60M单位处,有一段五颜六色的片段
再看分染色体比例表

2号染色体上有1.1%的basque
但是问题来了(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)
没记错的话,basque是黄色的吧,但是2号染色体图上没有几处是黄色的呀,所以这是怎么计算出来的。
更悲伤的是(;´д`)ゞ表上east balkan只在两条染色体上被检出(?),比例也不高,为什么总表上却能显示出0.5的east balkan,这是怎么计算出来的。为什么5号染色体上3.1%的Arabian在总表不出现,比例比他低的east balkan在总表上却可以出现。
现在我已经对计算器的计算和图像感到一头雾水?
社区有大神能解释一下这些现象吗?
φ(>ω<*) φ(>ω<*) φ(>ω<*)
2018-09-14 • IP属地上海
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3 个回复

ENF是European Neolithic Farmer. 汉族有1%-3%西欧亚很正常啊,北方多于南方…… 我还有非洲呢噗
kaji -
不需要理会。我的这些比楼主还多,但我觉得是几千年前遗留,距离太远

不需要看这种染色体绘画,直接看K36的计算结果吧,K36汉族几乎很少有西欧亚成分,但西部地区汉族会有微量
你是少数民族吗?

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